蘇木素是從洋蘇木中提取的一種染色劑，它在被氧化后生成蘇木精，同媒染劑（常用的是三價的鐵或鋁的鹽）一起使用，能夠使細胞核染色。

　　蘇木素和伊紅在組織學上被經常使用，與碘液不同，這是一種長久染色劑。其他常用的含有蘇木素的染色劑有磷鎢酸蘇木素染色劑，也就是磷鎢酸與蘇木素的混合物。

　　蘇木素染色劑經常為組織的研究使用。明礬和三價鐵鹽常常被用作媒染劑，展示核和細胞質結構。這些媒染劑的原理都是形成媒染劑－染料－組織復合體，從而顯示顏色。使用的鹽不同顏色也不同：當用鐵鹽呈現深藍色顏色沉淀，用鋁鹽通常顯示藍白色。

　　常用的兩種鋁蘇木素溶液有Ehrlich氏溶液和Harris氏溶液。鋁蘇木素溶液能夠把細胞核染成半透明的淺藍色，在酸性環境下會迅速變成紅色。作為媒染劑使用的鉀鋁硫酸鹽在堿性溶液通常結合與氫氧根形成不能溶解的氫氧化鋁。在過量的酸中，氫氧化鋁由于缺乏OH-離子而溶解,因此,鋁蘇木素溶液的酸性溶液變成紅色。在鋁蘇木素溶液染色時，被染色的部分通常轉移到一種堿性溶液中，中和酸并釋放氫氧根，形成一個不溶的藍色鋁蘇木精復合物。

　　由于自來水堿性不十分強，通常用每升含有33.5gNaHCO4和20克的MgSO4，并加入百里香酚蘭的溶液代替。使用冷水會減慢染色過程。實際上，使用在10°C之下的冷水甚至可能導致組織呈現紅色。